程願學從小卓犖，有奇誌，慎交遊，重然諾，以行義自砥礪。年輕時遊曆京師，巨公名士為之傾倒。有一次，他與友人一起在天亮時出門，路過一大戶人家，友人進去拜謁，讓程願學在門外稍為等候。不想，直等友人走出門時，天已將暮。這時，程願學依然在原地等候，沒有離開。這雖然是一件極小的事情，卻表現了他超人的誠實守信的品格。程願學誠實守信的這件事，讓在朝廷秘書府任職的蜀人趙炞聽到後十分欣賞，他隨即親自去拜訪程願學，交談甚洽。趙炞讓程願學隨即攜帶行李到其學館聽課。過了不久，朝廷要編修《大元大一統誌》，趙炞便極力推薦程願學入編修局工作。當誌書編成後，同事俱被優用，唯獨程願學沒有得到相應的提拔，程願學當然也不以為意。過了很久之後，才擢升為兵部從事。在兵部幹事的數十人中，隻有程願學是南方人，但他才能毅然特立，同行都不敢小看他。他曾奉旨將緞帛犒勞戍衛和林的諸侯王，後來經常因服務國家而往來於嶺北，卻從未因艱險偏遠而推辭過。

程願學任滿後調任鎮江路任司獄，他早晚出入牢房，發現有寒饑瘐疾的犯人，不時給其衣食。他曾感歎地說：“那些人固然是罪人，但也可能沒有罪。如果死了，哪算是上天對他的懲罰啊！”這件事則可以看到程願學的仁慈之心。

程願學在鎮江路司獄職務上任滿時，因為平時清廉，同時又把自己的薪俸買些衣食給寒饑瘐疾的犯人，因而根本沒有積餘，弄得幾乎沒有路費回家。剛好，朝廷有詔令要派官員到各地去宣詔。知府向來敬重程願學，也知道程願學手頭拮據，故而想讓程願學趁此斂點財物作為回家之資。於是，程願學被任命為宣詔諸邑使者。當時的使者下到州縣，州縣的官員都會將自己斂聚百姓的錢財向使者進貢。所以程願學所到屬縣的官員都按常例進貢財物。程願學見此情形便責備說：“我是宣詔而來的，能斂取百姓的財物回去嗎？”他督促他們將財物拿回去還給百姓。

此後，程願學升遷為湖州武康縣主簿，明法令，申約束，革其弊政。這引起當地豪門大族及訟棍土豪的嫉妒。他們聯合起來重金賄賂大府，設法支走程願學，讓他回京去辦事。等他回到京城時，又碰巧接到親人喪報，要離職回家守孝。

程願學是在守喪期滿後轉任嶺南循州長樂縣令的。循州介於閩、廣之交的偏遠之地。此前的官員都把此地百姓當成蠻夷之地的化外之民，弛法廢度，肆其貪虐；由此又滋生了一批依托官府橫行鄉裏、剝下阿上的黑惡人物，這樣的人在一個縣域就有數百。而長樂更加僻遠，老百姓被橫征暴斂、掠奪財物，不少逃竄到別的州縣去了。留下遵規守法、不避賦稅的，卻被貪贓奸猾者看上其財物，遭施加禍害，弄得家破人亡。其中有一些比較凶悍狡黠的人則依借山川險隘，拿起鋤頭棍棒用來自衛。

羅江五峽是少數民族居住之地，經常有山民出來擾掠邊境。大府發兵捕治，但畏盜凶悍不敢去靠近他們，就派人去誘導訓諭，讓他們繳交一些殘折的弓刀，算作是擒獲了盜寇的戰績。這樣，反過來讓那些有一定勢力的盜寇首領更把官府看成廢物，行凶搶掠更加厲害，百姓深受其害。程願學剛剛上任不久，恰好又有羅江的賊寇進入鄰境搶劫財物，殺人盈道。州縣的官吏都不敢過問，反而送羊送酒，讓他們去別的地方搶掠，因而盜寇大舉進犯長樂縣境。此時，縣內人心惶惶。縣裏的主簿、縣尉都擔心害怕，把家產也變賣了，住在船上，看情勢緩急決定是離開還是留下。隻有程願學不為所懼，他覺得為官一任，保一境安寧是自己的職守。便說：“賊來了，我自己抵擋他們。”程願學帶領兵卒把守在要道上，同時召集民壯，告訴他們防守辦法，讓他們各自分守隘要，更派遣人馬捕逐賊人，賊寇大懼隻好逃離。結果抓獲其首領七人，其餘逃散而走。直到程願學任滿卸任為止，賊寇再也不敢涉足長樂境界。

古代縣官無為而治，主要精力用於社會管理，查案斷案調解糾紛是縣官應該具備的基本素質和主要工作。麵對官吏場上結黨營私的險惡局麵，程願學到任後，立即開始了整治。他首先是從了解掌握違法官吏內外勾結的情況著手，用各種理由把他們全部遣返其鄉裏。其次是整飭案牘，申明法令，處理積案，這是民心的關注熱點。

長樂縣有個村民橫死，他的妻子反來訴訟。程願學依據在鎮江路司獄的經曆，知道這樣的女人是潑婦，什麼事情都幹得出來。他看過訟詞，就做出判斷說：“你就是殺人犯。”經過訊問，她隻好承認是自己把丈夫殺了。但此事牽連到富人，富人願意出萬兩銀子收買程願學。程願學斷不接受，富人懼怕，改用重金賄賂程的上司。上司已成功把富人移解到他縣去審訊，卻反過來追究程願學的罪責。程願學形色自如，而後仰天感歎說：“像這樣的殺人者皆可以因財免罪，那麼有錢的人皆可殺人了！天地鬼神，他也可欺騙嗎？”別縣的審訊果然符合富人意願，差吏趕忙拿著案牘就要簽署結案。忽然，天昏地暗，雷雨交加，棟折瓦墜。官吏被突如其來的天象所震駭。結果，結案文書也不知丟失到哪裏去了，找不回來。看來，是上蒼明鑒，赫然震怒。上司也隻好把此事放置下來，不敢再提了。

程願學斷案公正廉明的事跡在百姓中傳開了。縣裏有個姓賴的，無故訴訟黃某劫掠財物，這事連累數十人。黃某被訴訟時尚不知自己犯了何罪，整個家族隻得逃走躲藏起來，已經有五年之久。州府下達公文追索罪人，十分急迫。黃某聽說程願學來主縣政，便親自來到公庭。程願學責罵說：“你是強盜又一直在逃避啊。”黃某哭訴著說：“我與賴某隻是因築陂截水爭吵，產生口角糾紛，絕不是偷搶殺人。我如果不逃走，一家人都變成齏粉了。現在聽到縣裏有好縣官，願意把事情始末緣由向你說明白。”程願學說：“你們逃避的人很多，現在一個人來，哪裏能自表清白？”於是和黃某約定日期，讓他把所有逃走的人帶回來，黃某答應照辦。但是，上司卻認為程願學擅自慫恿強盜，要追究其罪責。黃某帶領一幫人比原定日期提早到了，在城外聽說這事後，又全部逃散走了。黃某獨自感歎說：“我寧願死，也不忍連累程縣尹也！”結果自己去投案。

州官過去曾巧立名目搜刮民財，他責怨程願學不聽話行事，沒和他狼狽為奸。因此想借故中傷程願學，便令黃某誣陷程願學曾接受過賄賂財物。黃某說：“我招惹的本不是罪，既然不能自明，難道還忍心借故陷害忠良嗎？”黃某受盡各種毒刑拷問，到死也沒有一句話語涉及程受賄的供詞。州官還訊問連坐的十多個人，也沒有一個人指認程願學受賄。此時剛好吏部姓詹的官員巡行到州郡，把其冤屈糾正過來，程願學才得以免罪。

前文已經提到，上司往來下屬縣邑，都借口說要點土特產而實際則索重賄，縣邑則向民間搜刮用來行賄。這次程願學的上司來了，程願學卻不吃這一套陋規。他自己拿出俸錢買點微薄的禮物送給上司，聊表敬意。後來上司都知他行事的風格，不但不敢接受送禮，幹脆也就不再來了。有時要順道經過長樂到其他縣去，都寧可繞道走也不讓程願學知道。

程願學在任上關心農桑，扶植貧弱，放寬徭賦，發展農業生產。請德高年劭的人在鄉中申諭朝廷的好意。老百姓相信他的所言所為，很多原先逃亡出去的人又返回來。這樣，縣治所寓的居民，生聚日見繁榮，漸漸與內地的州縣一樣了。

長樂向來多火災。百姓都說是城隍神穿著紅衣服所帶來的，想改變城隍。程願學說，火災是由於民眾不小心造成的。於是便下令疏浚溝池，修理火具，廬舍用茅草蓋成的則換用瓦片。他在職五載，火患不再出現，百姓還以為是神靈保佑。

長樂於宋神宗熙寧四年（1071）始置縣，縣治在長樂鎮（今華城鎮）。後於宋高宗紹興十九年（1149）遷到九龍岡（今水寨七都圍），到元世祖至元二十九年（1292）複遷回長樂鎮。程願學任縣令時，縣治複遷回華城不久，百廢待興。他建儒學於縣城的西南勝地，選擇有學問的人來當老師，召集各鄉的優秀子弟來讀書，興學育人，深為百姓擁戴。結果，程願學治下的長樂麵貌煥然一新，連住在山穀中的百姓也大冠長裾，來遊來息，文質彬彬，儼然傳承先代遺風的樣子。

長樂距離程願學的家鄉有數千裏，他僅以一僮自隨，五六年間都是這樣。他任職期滿，歸舟行至江西廬陵的十八灘，因病而逝。時在元統三年（1335）六月十七日，壽六十歲。他的兒子程植在身邊，便斂以時服，奉程願學的靈柩回到家鄉，葬在鄉裏的深坑源。

程願學自己無子。弟幼學，死得較早，有子女四人。程願學撫養如自己的子女。程植是他弟弟的第二個兒子，過繼為程願學的兒子。

程願學死後十年，他的結拜兄弟、別駕王公巴延徹爾，做官來到安徽，尋訪到程願學的兒子，講通家之好。任滿，回京城任職，為程植求得承直郎真定路中山府判官一職。程願學的夫人滕氏，贈宜人。康熙二年（1663）、康熙二十六年（1687）、道光二十五年（1845）《長樂縣誌》俱有程願學簡易傳略，光緒四年《安徽通誌·選舉誌》中程願學有傳。

元代著名學者、詩人，南宋左丞相虞允文五世孫，世稱“邵庵先生”的虞伯生聽到程願學已逝世的消息，感歎地說：“斯人有用世之才，若在今日，緩急可仗。惜其年未甚遠，位不足以展布其才耳！”程願學為當世名流所知絕非虛譽。

元末大儒，著名理學家、經學家、文學家趙汸在《長樂縣程令君願學行狀》中認為，程願學“氣稟剛明，資貌挺特，而操行清苦，且承故家令徳。凡遊交皆國初老成巨公，其所熏陶以成就者，皆有自來。故曆官中外，忠而不諛，勤而不擾，廉以自持，誠以接物，又明練法律以輔之。是以遇事有立，不以禍害變其所守，而宰物者，亦赫然臨而鑒之。非其操心行事，不愧不怍者，能如是乎！”

趙汸說，自己不認識程願學，但和程植有交情。他聞知程願學的家世及其持身蒞官的事跡比較詳切，認為程願學無愧於循吏之名。所以記述他的事略梗概，希望能記載在史籍上，以使其於青史有名，永傳不朽。