一、加強農業生態環境保護工作，承擔現代農業發展規劃和農業綠色發展有關工作，指導農業農村節能減排和現代綠色生態農業發展。組織和指導改善農村人居環境，統籌推進生態宜居美麗鄉村建設。

二、指導畜牧業調整優化結構布局，推進規範化、標準化養殖和畜禽養殖廢棄物資源化利用。指導漁業產業結構、布局調整和標準化工作，指導漁業水域生態環境及水生野生動植物保護。監督管理漁業、漁港和漁船，加快推進漁船更新改造。

三、負責耕地及永久基本農田質量保護。協助開展農產品產地土壤環境質量的調查、農產品產地土壤汙染事故的調查處理和應急管理，對土壤汙染狀況調查表明汙染物風險管控相關標準或產出的農產品汙染物含量超標的耕地，組織開展重點監測和汙染風險評估，組織建立耕地土壤環境質量分類檔案，指導受汙染土壤的環境風險管控。

四、加強農業投入品監督管理，完善農藥廢棄包裝物和廢棄農膜回收體係。指導、推進農作物秸稈綜合利用和病死動物無害化處理。指導農村可再生能源開發利用、節能減排、農業清潔生產和生態循環農業建設。加強飲用水水源地農藥化肥監管，防治農業麵源對水質造成影響，結合土地利用調整情況促進飲用水源地保護區內農業種植逐步退出。

五、負責農業植物新品種保護，牽頭管理外來物種，指導農業生物物種資源的保護與管理。

六、負責動物防疫以及與動物有關的實驗室及其實驗活動的生物安全監督等工作。

七、推廣使用符合生態環境要求的農用非道路移動機械，推動老舊農業機械報廢更新工作，配合市生態環境局監督檢查。

八、負責組織對突發生態環境事件造成的農業、漁業資源破壞進行評估，配合開展相關生態修複。

九、落實中央和省環境保護督察交辦涉職能的生態環境保護案件。